حكمت متعاليه كه حاصل مطالعات و مكاشفات صدرالمتألهين شيرازي است بي ترديد تحولي بنيادين در عرصه علوم و معارف الهي در تاريخ انديشه اسلامي پديد آورد و در حوزه معارف عقلي و فلسفي پس از دو گرايش مشائي و اشراقي مكتب جديدي را با تفاوت بسيار در روش و ساختار و مبادي و نتايج دو گرايش مذكور بنيان نهاد.

صدرالمتألهين با روش كاملاً بديع و با استفاده از تواناييهاي ذاتي خود تمام انديشه هاي فلسفي و عرفاني و كلامي موجود در زمان خود را پس از غربال آن با ابزار برهان و شهود و نوآوري ها و ابتكارات شخصي و مجموعه اي عظيم از معارف قرآني و روائي تركيب نمود و همه آن انديشه ها را در قالبي واحد و با ساختاري منظم و بسامان بر طالبان علم و حقيقت عرضه داشت. با توجه با اين كه نوآوري در هر علمي ممكن است در روش معرفتي يا ترتيب و تنظيم مباحث و يا طرح مسائل جديد و يا تبيين و اثبات نظريه هاي پيشين و يا ردّ و ابطال آن ها صورت گيرد مي ‌توان ادعا كرد كه در افكار و انديشه هاي فلسفي صدرالمتألهين همه اشكال و انواع نوآوري وجود دارد.

مهمتر اينكه تركيب و تلفيق اين نوآوريها، فكر و انديشه و مكتب جديدي را در علوم عقلي و معارف الهي عرضه مي‌كند كه به دليل برتريهاي محسوس نسبت به مكتبهاي ديگر عرصه فكر و انديشه را در قلمرو خود مي‌گيرد و بسياري از عالمان و حكيمان برجسته را در سلك مريدان خود قرار مي ‌دهد. دقت در مباني تفكر و انديشه اين حكيم بزرگ و تأمل در لايه هاي دروني حكمت متعاليه و حتّي دقت در لايه ظاهري آن پژوهشگر را با چنان معرفت منسجم و هماهنگي مواجه مي‌ سازد كه شگفتي، حيرت و تحسين خود را از اين همه توفيق نمي ‌تواند مخفي دارد.

مطابق ديدگاه صدرالمتألهين كه جهان را انسان اكبر و فلسفه را انعكاس آن در آيينه قلب آدمي مي ‌داند مي توان گفت حكمت متعاليه هم چون پيكره واحدي است كه از جسم و جان و مجموعه اي از اعضا، اصلي و فرعي تشكيل شده كه جداكردن هر قسمت از آن موجب نقص و زشتي اين پيكر زيبا و ناديده گرفتن اصولي چون اصالت وجود ووحدت تشكيكي آن به منزله خارج ساختن روح از كالبد اين مكتب و تبديل آن به جسمي بي جان مي ‌باشد.