آیت الله خامنه ای به لحاظ روابط خانوادگی ومبارزات سیاسی ارتباط نزدیکی با مرحوم شهید قدوسی داشت . ایشان پس از شهادت شهید قدوسی درباره ی وی می فرمایند:
« آشنایی من با شهید قدوسی بسیار قدیمی است، ما به طور خانوادگی با خانواده ی مرحوم علامه طباطبایی ارتباط نزدیکی داشتیم، چون مرحوم علامه با پدرم دوستی دیرینه ای از نجف داشتند در سفرهایی که ایشان بارها به مشهد داشتند به طور خانوادگی با ما در تماس بودند ووقتی شهید قدوسی داماد خانواده ی علامه شدند با ایشان هم آشنایی پیدا کردیم. اوایلی که من به قم رفتم با شهید قدوسی به عنوان یک دوست مراوده داشتم البته هر چه می گذشت ارتباطات دوستانه ی ما با ایشان قوی تر ومحکم تر می شد وبعدها که ایشان مدرسه ی حقانی را اداره کردند وبا مرحوم شهید بهشتی وآقای جنتی هم کاری نزدیکی داشتند گاهی هم به مشهد می آمدند ودرباره ی مسایل مدرسه ما بارها با هم صحبت کردیم وهنگامی که انقلاب اسلامی در سال 1341 آغاز شد وقم محور مرکزی برای حرکت انقلابی بود در قم تشکیلاتی را به وجود آوردیم که پس از 15 خرداد اولین تشکیلات حوزه ی علمیه ی قم و اولین سازمانی بود که با اتکا به عناصر حوزه ی علمیه به وجود آمد. در این تشکیلات آقای هاشمی رفسنجانی ونیز آقای قدوسی و… نیز شرکت داشتند. با گذشت زمان این ارتباطات بیشتر گردید تا این که انقلاب پیروز شد ودر جریانات دستگاه قضایی دادسرا وداستانی انقلاب در سطح گسترده ای فعالیت مشترک داشتیم تا هنگامی که ایشان به شهادت رسیدند.»