شيخ بهائي آثار برجسته اي به نثر و نظم پديد آورده است. وي با زبان ترکي نيز آشنايي داشته است. عرفات العاشقين (تأليف 1022ـ 1024)، اولين تذکره اي است که در زمان حيات بهائي از او نام برده است.

بهترين منبع براي گردآوري اشعار بهائي، کشکول است تا جائي که به عقيده برخي محققان، انتساب اشعاري که در کشکول نيامده است به بهائي ثابت نيست. از اشعار و آثار فارسي بهائي دو تأليف معروف تدوين شده است؛ يکي به کوشش سعيد نفيسي با مقدّمه اي ممتّع در شرح احوال بهائي، ديگري  توسط غلامحسين جواهري وجدي که مثنوي منحول « رموز اسم اعظم » (ص 94 ـ 99) را هم نقل کرده است. با اين همه هر دو تأليف حاوي تمام اشعار و آثار فارسي شيخ نيست.

اشعار فارسي بهائي عمدتاً شامل مثنويّات، غزليّات و رباعيّات است. وي در غزل به شيوه فخرالدين عراقي و حافظ، در رباعي با نظر به ابو سعيد ابوالخير و خواجه عبدالله انصاري و در مثنوي به شيوه مولوي شعر سروده است. ويژگي مشترک اشعار بهائي ميل شديد به زهد و تصوّف و عرفان است. ازمثنوّيات معروف شيخ مي توان از اينها نام برد: «نان و حلوا يا سوانح سفر الحجاز»، اين مثنوي ملمّع چنانکه از نام آن پيداست در سفر حج و بر وزن  مثنوي مولوي سروده شده است و بهائي در آن ابياتي  از مثنوي را نيز تضمين کرده است. او اين مثنوي را به طور پراکنده در کشکول نقل کرده و گردآورندگان ديوان فارسي وي ظاهراً به علت عدم مراجعه دقيق به کشکول متن ناقصي از اين مثنوي را ارائه کرده اند.

«نان و پنير»، اين اثر نيز بر وزن و سبک مثنوي مولوي است؛ «طوطي نامه» نفيسي اين مثنوي را که از نظر محتوا و زبان نزديکترين مثنوي بهائي به مثنوي مولوي است، بهترين اثر ادبي شيخ دانسته و با آنکه آن را در اختيار داشته جز اندکي در ديوان بهائي نياورده و نام آن را نيز خود براساس محتوايش انتخاب کرده است.

«شير و شکر»، اولين منظومة فارسي در بحر خَبَب يا مُتدارک است. در زبان عربي اين بحر شعري پيش از بهائي نيز مورد استفاده بوده است. « شير و شکر » سراسر جذبه و اشتياق است و علي رغم اختصار آن (161 بيت در کليات، چاپ نفيسي، ص 179 ـ 188؛ 141 بيت در کشکول، ج 1، ص 247 ـ 254) مشحون از معارف و مواعظ حکمي است، لحن حماسي دارد و منظومه اي بدين سبک و سياق  در ادب فارسي سروده نشده است؛ مثنويهايي مانند «نان و خرما»، «شيخ ابوالپشم» و «رموز اسم اعظم» را نيز منسوب بدو دانسته اند که مثنوي اخير به گزارش مير جهاني طباطبائي (ص 100) از آنِ سيد محمود دهدار است. شيوه مثنوي سرايي بهائي مورد استقبال ديگر شعرا، که بيشتر از عالمان اماميّه اند واقع شده است. تنها نثر فارسي بهائي که در ديوان هاي چاپي آمده است، « رساله پند اهل دانش و هوش به زبان گربه و موش » است.

بهائي در عربي نيز شاعري چيره دست و زبان داني صاحب نظر است و آثار نحوي و بديع او در ادبيات عرب جايگاه ويژه اي دارد. مهمترين و دقيقترين اثر او در نحو، « الفوائد الصمديّه » معروف به صمديّه است که به نام برادرش عبدالصمد نگاشته است و جزو کتب درسي در مرحله متوسط علم نحو در حوزه هاي علميّه است. اشعار عربي بهائي نيز شايان توجه بسيار است. معروفترين و مهمترين قصيده او موسوم به « وسيله الفوزوالامان في مدح صاحب الزّمان عليه السلام » در 63 بيت است که هر گونه شبهه اي را در اثناعشري بودن وي مردود مي سازد. بهائي در ارجوزه سرايي نيز مهارت داشت و دو ارجوزه شيوا يکي در وصف شهر هرات به نام « هراتيه يا الزّهره » (کشکول، ج1،ص 189 ـ 194) و ديگر ارجوزه اي عرفاني موسوم به « رياض الارواح » (کشکول، ج1، ص225 ـ 227) از وي باقي مانده است. دوبيتيهاي عربي شيخ نيز از شهرت و لطافت بسياري برخوردار بوده که بيشتر آنها در اظهار شوق نسبت به زيارت روضة مقدّسه معصومين عليه السلام است.

شيخ محمدرضا فرزند شيخ حرّعاملي (متوفي 1110) مجموعه لطيفي از اشعار عربي و فارسي شيخ بهائي را در ديواني فراهم آورده است. اشعار عربي وي اخيراً با تدوين ديگري نيز به چاپ رسيده است. بخش مهمي از اشعار عربي بهائي، لُغَز و معمّاست.

از بررسي شيوه نگارش بهائي در اکثر آثارش، اين نکته هويداست که وي مهارت فراواني در ايجاز و بيان معمّا آميز مطالب داشته است. وي حتي در آثار فقهي اش اين هنر را به کار برده که نمونه بارز آن «رسائل پنجگانه الاثناعشرّيه »، است. اين سبک نويسندگي در « خلاصه الحساب، فوائد الصمّديه،  تهذيب البيان و الوجيزه في الدرايه » آشکاراتر است. بهائي تبحّر بسياري در صنعت لغز و تعميه داشته و رسائل کوتاه و لغزهاي متعدّد و معروفي به عربي از وي بر جا مانده است. مانند:

« لغزالزبده » ( لغزي است که کلمه زبده از آن به دست مي آيد )، « لغزالنحو »، « لغزالکشّاف » ،  « لغزالصمديه »، « لغزالکافيه » و « فائده ». نامدارترين اثر بهائي الکشکول، معروف به « کشکول شيخ بهائي» است که مجموعه گرانسنگي از علوم و معارف مختلف و آينه معلومات و مشرب بهائي محسوب مي شود.

بهائي در شمار مؤلفان پر اثر در علوم مختلف است و آثار او که تماماً موجز و بدون حشو و زوايد است، مورد توجه دانشمندان پس از او قرار گرفته و بر شماري از آنها شروح و حواشي متعدّدي نگاشته شده است. خود بهائي نيز بر بعضي تصانيف خود حاشيه اي مفصّل تر از اصل نوشته است. از برجسته ترين آثار چاپ شده بهائي مي توان از اينها نام برد: « مشرق الشمسين و اکسير السعادتين» ( تأليف 1015)، که ارائه فقه استدلالي شيعه بر مبناي قرآن (آيات الاحکام) و حديث است. اين اثر داراي مقدمه بسيار مهمي در تقسيم احاديث و معاني برخي اصطلاحات حديثي نزد قدما و توجيه تعليل اين تقسيم بندي است. از اثر مذکور تنها باب طهارت نگاشته شده و بهائي در آن از حدود چهارصد حديث صحيح و حسن  بهره برده است؛

«جامع عباسي»، از نخستين و معروفترين رساله هاي علميّه به زبان فارسي؛ « حبل المتين في اِحکام احکام الدّين » (تأليف 1007)، در فقه که تا پايان صلوه نوشته است و در آن به شرح و تفسير بيش از يکهزار حديث فقهي پرداخته شده است؛ « الاثنا عشريه » در پنج باب طهارت، صلات، زکات، خمس، صوم و حج است. بهائي دراين اثر بديع، مسائل فقهي هر باب را به قسمي ابتکاري بر عدد دوازده تطبيق کرده است، خود وي نيز بر آن شرح  نگاشته است.

« زبده الاصول » اين کتاب تا مدتها کتاب درسي حوزه هاي علمي شيعه بود و داراي بيش از چهل شرح و حاشيه و نظم است. « الاربعون حديثاً » (تأليف 995) معروف به اربعين بهائي ؛ « مفتاح الفلاح » (تأليف 1015) در اعمال و اذکار شبانه روز به همراه تفسير سورة حمد. اين اثر کم  نظير که گفته مي شود مورد توجه و تأييد امامان معصوم عليه السّلام قرار گرفته است.

«حدائق الصالحين» (ناتمام)، شرحي است بر صحيفة سجاديه که هر يک از ادعية آن با نام مناسبي شرح شده است. از اين اثر تنها الحديقه الهلاليّه در شرح دعاي رؤيت هلال (دعاي چهل و سوم صحيفة سجاديه) در دست است.  «حديقة هلاليّه » شامل تحقيقات و فوائد نجومي ارزنده است که ساير شارحان صحيفه از جمله سيّد عليخان مدني در شرح خود موسوم رياض السالکين از آن بسيار استفاده کرده اند. همچنين فوائد و نکات ادبي، عرفاني، فقهي و حديثي بسيار در اين اثر موجز به چشم مي خورد.