محل دفن پیکر مطهر ایشان حضرت آیت الله سید رضا بهاءالدینی
به فرموده رهبری مکان دفن پیکر مطهر آن بزرگ مرد عرصه عرفان و تهذیب در مسجد بالا سر در حرم حضرت معصومه سلام الله علیها، کنار قبر مطهر مرحوم آیت الله العظمی اراکی، بالای سر استادش، مرحوم آیت الله عبدالکریم حائری یزدی و دیگر مراجع معین شد.
معمار و دیگر مسئولین آستانه مقدسه می گفتند: اینجا بتون است، قبری نمی شود درآورد. دوستان اظهار کردند رهبری فرموده اند، اجازه دهید ما همین مکان را می کنیم اگر بتون بود، یا اگر قبری بود او را پر می کنیم .
اضافه کردند آقای بهاء الدینی فردی عادی نیست.
معمار آستانه می گوید: اگر فرد عادی نیست باید زمین برای او شکافته شود، به او می گویند: شما دستور دهید زمین را بکنند ببینند قبر چگونه آماده می شود. شروع به کندن کردند نه قبری بود نه بتونی، یا پایه آجری، قبری وسیع و بکر آماده شد.
آنها که به وجب، وجب این مکان وقوف داشتند! بعضی با این عبارت که حرف حسابی به کله شما فرو نمی رود، دوستان را مورد خطاب قرار داده که اینجا قبری نمی شود کند ! .
در زمان حیات آیت الله بهاء الدینی وقتی درباره مکان قبر، با ایشان مذاکره شده بود، فرموده بودند:
« آقای حاج میرزا جواد آقای ملکی گفته قبر تو پای من. »
امام موسی بن جعفر علیه السلام می فرمایند:
« اذا مات المؤمن بکت علیه الملائکه و بقاع الارض التی کان یعبد الله علیها و أبواب السماء التی کان یصعد فیها بأعماله و ثلم فی الاسلام ثلمة لا یسدها شیء لان المؤمنین الفقهاء حصون الاسلام کحصن سور المدینة لها:
چون مؤمن بمیرد فرشته های آسمان و قطعه های زمین که خدا را در آنها عبادت کرده و درهای آسمانها که عبادتش از آن بالا رفته بر او بگریند و در اسلام رخنه ای افتد که چیزی آنرا نبندد. زیرا مؤمنان مسئله دان و عالم، دژهای اسلامند، مانند حصارهای شهر که بر گرد آن است. »
پیام رهبر انقلاب در فوت ایشان
« … مجلس او همواره معراج روح مستعد فضلای جوانی بود که می خواستند علم دین را با صفای عطرآگین عرفان دینی توأم سازند. معلم اخلاق و سالک الی الله بود و صحبت نورانی و کلام رازگشای او دل مستعد را در یاد خدا مستغرق می کرد…
این عالم کهنسال و مراد و مقبول فضلا و علما، عمر بابرکت و پرفیض خود را در بهشتی از پارسایی و زندگی زاهدانه، در کنج محقر خانه ای که دهها سال شاهد غنای معنوی صاحبش بود، بسر آورد و بی اعتنایی به زخارف ناپایدار دنیوی را که سیره همه صاحبدلان برجسته حوزه های علمیه است درس ماندگار خود ساخت… »