در عرف مردم ايران، شيخ بهائي به مهارت در رياضي و معماري و مهندسي معروف بوده و هنوز هم به همين صفت معروف است، چنانكه معماري مسجد امام اصفهان و مهندسي حصار نجف را به او نسبت مي دهند. و نيز شاخصي براي تعيين اوقات شبانه روز از روي سايه آفتاب يا به اصطلاح فني، ساعت  آفتاب يا صفحه آفتابي و يا ساعت ظلي در مغرب مسجد امام (مسجد شاه سابق) در اصفهان هست كه مي  گويند وي ساخته است.

در احاطه وي در مهندسي مساحي ترديد نيست و بهترين نمونه كه هنوز در ميان است، نخست تقسيم آب زاينده رود به محلات اصفهان و قراي مجاور رودخانه است كه معروف است هيئتي در آن زمان از جانب شاه عباس به رياست شيخ بهائي مأمور شده و ترتيب بسيار دقيق و درستي با منتهاي عدالت و دقت علمي در باب حق آب هر ده و آبادي و محله و بردن آب و ساختن ماديها داده اند كه هنوز به همان ترتيب معمول است و اصل طومار آن در اصفهان هست.

ديگر از كارهاي علمي كه به بهائي نسبت مي دهند طرح ريزي كاريز نجف آباد اصفهان است كه به نام قنات زرين كمر، يكي از بزرگترين كاريزهاي ايران است و از مظهر قنات تا انتهاي آبخور آن  9 فرسنگ است و به 11 جوي بسيار بزرگ تقسيم مي شود و طرح ريزي اين كاريز را نيز از مرحوم بهائي مي دانند.

ديگر از كارهاي شيخ بهائي، تعيين سمت قبله مسجد امام به مقياس چهل درجه انحراف غربي از نقطه جنوب و خاتمه دادن به يك سلسله اختلاف نظر بود كه مفتيان ابتداي عهد صفوي راجع به تشخيص قبله عراقين در مدت يك قرن و نيم اختلاف داشته اند.

يكي ديگر از كارهاي شگفت كه به بهائي نسبت مي دهند، ساختمان گلخن گرمابه اي كه هنوز در اصفهان مانده و به حمام شيخ بهائي يا حمام شيخ معروف است و آن حمام در ميان مسجد جامع و هارونيه در بازار كهنه نزديك بقعه معروف به درب امام واقع است و مردم اصفهان از دير باز همواره عقيده داشته اند كه گلخن آن گرمابه را بهائي چنان ساخته كه با شمعي گرم مي شد و در زير پاتيل گلخن فضاي تهي تعبيه كرده و شمعي افروخته در ميان آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدتهاي مديدهمچنان مي سوخت و آب حمام بدان وسيله گرم مي شد و خود گفته بود كه اگر روزي آن فضا را بشكافند، شمع خاموش خواهد شد و گلخن از كار مي افتد و چون پس از مدتي به تعمير گرمابه پرداختند و آن محوطه را شكافتند، فوراً شمع خاموش شد و ديگر از آن پس نتوانستند بسازند. همچنين طراحي منارجنبان اصفهان كه هم اكنون نيز پا برجاست به او نسبت داده مي شود.



استادان شيخ بهائي:

آن طور كه مؤلف عالم آرا آورده است، استادان او بجز پدرش از اين قرار بوده اند: “تفسير و حديث و  عربيت و امثال آن را از پدر و حكمت و كلام و بعضي علوم منقول را از مولانا عبدالله مدرس يزدي مؤلف مشهور حاشيه بر تهذيب منطق معروف به حاشيه ملا عبدالله آموخت. رياضي را از ملا علي مذهب ملا افضل قاضي مدرس سركار فيض كاشاني فرا گرفت و طب را از حكيم عماد الدين محمود آموخت و در اندك زماني در منقول و معقول پيش رفت و به تصنيف كتاب پرداخت.”

“مؤلف روضات الجنات استادان او را پدرش و محمد بن محمد بن محمد ابي الطيف مقدسي مي شمارد و گويد كه صحيح بخاري را نزد او خوانده است.”

علاوه بر استادان فوق در رياضي؛ “بهائي نزد ملا محمد باقر بن زين العابدين يزدي مؤلف كتاب مطالع الانوار در هيئت و عيون الحساب كه از رياضي دانان عصر خود بوده نيز درس خوانده است.”