ميرزا محمد ثقفي تهراني در زمان تحصيل در شهر مقدس قم، با حاج آقا روح ‌الله مصطفوي خميني (حضرت امام( رحمة الله علیه)) كه در آن زمان بیست و هفت سال داشت آشنا شد

كه همين آشنايي، واسطه‌ ازدواج امام خميني(رحمة الله علیه ) با بانو ثقفي در سال هزار و سیصد و هشت  شمسي شد.

امام خميني در سال هزار و سیصد و هشت  هجری خورشیدی با خدیجه ثقفی دختر میرزا محمد ثقفی تهرانی ازدواج کرد.

برخلاف سنت رایج چند همسری و متعه در بین روحانیان آن زمان، امام خمینی(رحمة الله علیه) هیچگاه همسر دیگری و متعه اختیار نکرد

و برخلاف رسم آن زمان  امام خمینی(رحمة الله علیه) در امور منزل به همسرش کمک می کرد.

ثمره اين ازدواج تولد سيد مصطفي، فرزند اول آنها در آذر هزار و سیصد و نه ؛ سيد احمد در بیست و ششم  اسفند هزار و سیصد وبیست وچهارم و خانم‌‌ها سيده فريده‌،‌ سيده

زهرا و سيده صديقه بود.