معظم له اکنون دارای ۶ فرزند هستند. نام خانوادگی همسر ایشان«خجسته» است. نام دخترانشان بشری و هدی، و نام فرندان پسرشان سید مصطفی، سیدمجتبی، سیدمسعود و سیدمیثم است. دو تن از فرزندان پسر ایشان ۸ سال در جبهه‌های جنگ ایران و عراق حضور داشتند.

یکی از دختران ایشان همسر فرزند آیت الله محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است که ضمن آراستگی به لباس شریف روحانیت و علم دین در دانشگاههای کشور نیز به تدریس متون حقوقی به زبان فرانسه اشتغال دارند و دختر دیگر ایشان همسر فرزند آیت الله باقری کنی از علمای تهران است.

سید مصطفی فرزند بزرگ ایشان با دختر آیت‌الله خوشوقت ازدواج کرده ‌است. سید مجتبی داماد دکتر غلامعلی حداد عادل است. سید مسعود نیز با فرزند آیت‌الله خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده ‌است. سید میثم کوچکترین فرزند ایشان نیز به ازدواج دختر آقای لولاچیان از بازاریان متدین در آمده است.

مقام معظم رهبری همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیت های سیاسی و اقتصادی مبرا داشته و به ایشان توصیه کرده اند که در کارهای اقتصادی وارد نشوند.

حجت‌الاسلام و المسلمین احمد مروی “دامت برکاته” در این رابطه چنین بیان داشتند:ایشان چهار فرزند پسر دارند که هر چهار نفر، طلبه‌ و معمم هستند و حقیقتاً هم درس می‌خوانند. خوب هم درس می‌خوانند. من با اینها مأنوسم،این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، صحبت می‌کنیم. یک بار ندیده‌ام که اینها راجع به پولی، امکاناتی و چیزهای از این قبیل صحبت بکنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یک فرد معمولی است.

فرزندانشان بیشتر همین مسائل درس و بحث برایشان مطرح است و نگرانی‌هایی که نسبت به مردم و نسبت به زندگی طلاب و نسبت به قضایای دیگر دارند، همان دغدغه‌هایی است که خود آقا دارند این خیلی ارزش دارد که امکانات باشد و موقعیت فراهم باشد وهیچ اقبالی به آن نشان داده نشود. این خیلی ارزشمند است. برای خود حضرت آقا، همه رقم امکانات هست ولی هیچ اقبالی ما نمی‌بینیم. نه خودشان، نه خانواده‌شان!

قطعاً خود حضرت آقا دوست ندارند که بستگانشان و مخصوصاً آقازاده‌ها‌یشان در کارهای اقتصادی باشند، قطعاً این را آقا نمی‌پسندند.خود اینها هم، هیچ رغبتی و هیچ اقبالی ندارند. حالا به هر صورت این جور تربیت شده‌اند که هیچ اقبالی به این چیزها ندارند.

فرزندانشان بیشتر همین مسائل درس و بحث برایشان مطرح است و نگرانی‌هایی که نسبت به مردم و نسبت به زندگی طلاب و نسبت به قضایای دیگر دارند،همان دغدغه‌هایی است که خود آقا دارند. این که آنها برای خودشان دنبال آینده‌ای باشند‌ زندگی، مال، منال، پول، پس‌انداز‌ اصلاً وجود ندارد. اگر بود، من مطلع می‌شدم. چون خیلی با اینها مأنوسم. من چنین چیزی واقعاً در اینها ندیده‌ام.

از راست به چپ: حجت الاسلام سید
میثم خامنه ای- حجت الاسلام سید مصطفی خامنه ای- آیت الله مجتهدی- حجت الاسلام
سید مجتبی خامنه ای- حجت الاسلام سید محسن خامنه ای. توضیح اضافه اینکه هر
۴ پسر رهبر شاگرد آیت الله مجتهدی بودند.

تألیفات‏

شیخ حُر عاملى داراى تألیفات ارزشمند و گران‏بهایى است. وى عمر شریف خود را وقف خدمت به شریعت مقدس اسلام و مذهب حق اهل بیت عصمت و طهارت نمود و با وجود مشاغل فراوان مانند شیخ الإسلامى و اشتغال به درس و تربیت علما، تألیفات فراوانى نیز از خود به یادگار نهاده كه یكى از آنها كتاب ارزشمند «وسائل الشیعة» است كه از زمان نگارش تا این زمان پیوسته مورد توجه و عنایت فقهاى اهل بیت و مجتهدین شیعه قرار گرفته است.

از جمله دیگر تألیفات ایشان می توان به الجواهر السنیة فی الأحادیث القدسیه، الصحیفة الثانیة من أدعیة علی بن الحسین علیه‏السلام، تفصیل وسائل الشیعة إلى تحصیل مسائل الشریعة، هدایة الأمة إلى أحكام الأئمة علیهم‏السلام، من لا یحضره الإمام، إثبات الهداة بالنصوص و المعجزات، رسالة فی الرد على الصوفیة، و بسیاری کتاب ارزشمند دیگر اشاره نمود.

علی فضلی، از فرماندهان ارشد سپاه – فرمانده قرارگاه مرکزی راهیان نور ـ اما روایتش از مجتبی خامنه‌ای در–کتاب خورشید در جبهه این است: «توفیقی بود که مدتی را در لشگر سیدالشهدا محضر برادر بسیار بزرگوارم آقا «سید مجتبی» بودیم. ایشان مقطعی را که در لشگر سیدالشهدا بودند به من توصیه کردند که من را به عنوان آقای حسینی خطاب کنید، چون ما برای ادای تکلیف و برای انجام وظیفه به اینجا آمده‌ایم نه برای نام و عنوان و فخر فروشی. ویژگی‌های زیادی ما از ایشان در آن مدت دیدیم، توقعشان همانند یا کمتر از توقعاتی بود که سایر رزمندگان داشتند، هیچ‌گاه ندیدم چیزی بیشتر از دیگر رزمندگان بخواهد و یا حتی اشاره‌ای بکند، بلکه کمتر از آن را قانع بودند. سعی بر این داشتند که در جاهایی که امکان خطر بیشتری هست حضور داشته باشند و در مکان‌های امن تعیین شده نباشند. رفت و آمد و سرکشی به خط مقدم را همیشه جزو‌ مبنا‌ها و ملاک خودشان قرار می‌دادند، به موقع با بچه‌ها شوخی و مزاح هم می‌کردند، در مورد اقامه نماز یک ویژگی خاصی داشت، سعی داشت هنگامی که جماعت نبود نماز خود را در جاهای خلوت و تاریک که افراد کمتر حضور داشتند به جا آورد. ما آنجا چادرهای زیادی داشتیم، اما ایشان برای نماز و راز و نیاز، چادرهای پرت و دور را انتخاب می‌کرد. این حالت در طول مدتی که ایشان در لشگر بودند تکرار می‌شد و کار یک بار و دو بار نبود. بزرگواری خاصی در ایشان بود.»

آرامگاه شیخ بهایی
این آرامگاه در رواقی به همین نام واقع در ضلع شمالی صحن امام خمینی (رحمه الله علیها) قرار دارد و متعلق به شیخ بهاءالدین محمد عاملی معروف به شیخ بهایی از دانشمندان بزرگ شیعی معاصر با شاه عباس صفوی است. شیخ بهایی در 953 ق. در بعلبک لبنان متولد و در 1030 ق. در اصفهان درگذشت و در محل کنونی مدفون شده است. بنای رواق شیخ بهایی دارای 102 متر مربع مساحت می باشد و کف و ازاره رواق با سنگ مرمر مرغوب پوشش یافته است. مدفن این عالم جلیل الشأن درمرکز رواق قرار دارد و با سنگ نبشته ای مشتمل بر شرح حال شیخ بهایی مزین شده است. آثار باقیمانده از این دانشمند را 88 کتاب و رساله مختلف دانسته اند.

آرامگاه شیخ حر عاملی
درشمال شرقی صحن انقلاب و در قسمت تحتانی غرفه های متصل به مدرسه میرزا جعفر سابق قرار دارد و به وسیله پلکان و دری از غرفه چهارم در ضلع شمالی با صحن انقلاب مرتبط است. این آرامگاه متعلق به شیخ المحدثین محمد بن حسن معروف به شیخ حر عاملی از دانشمندان شیعی و صاحب کتاب مشهور وسایل الشیعه است که در 1033 ق. دریکی از روستاهای جبل عامل به دنیا آمد و پس از طی دوران تحصیل به مشهد مهاجرت کرد و ضمن تدریس ، مدتی مقام شیخ الاسلامی در مشهد را عهده دار بود. وی در 1104 ق. وفات یافت و در این مکان مدفون شد. مدفن فرزند بزرگ و دانشمند او در جوار مقبره پدرقرار دارد. عملیات بازسازی و مرمت آرامگاه از 1365 ش. پایان یافته است.

آرامگاه شیخ طبرسی
درشمال صحن انقلاب و شرق باغ رضوان و در ضلع غربی سردرهای ورودی طبرسی به مجموعه حرم واقع و با گنبدی کاشیکاری مزین است.
نام صاحب آرامگاه ابوعلی فضل بن حسن طبرسی است که از علمای مشهور شیعه و صاحب تفسیر مجمع البیان و جوامع الجامع می باشد که به قولی در 470 ق. درایران متولد و در 548ق. درسبزوار وفات یافت و در قبرستان قدیمی مشهد (قتلگاه) که بعداً باغ رضوان نامیده شد، مدفون گردید. باغ رضوان درشمال غربی اماکن متبرکه واقع بود و مقبره شیخ طبرسی درسال 1370 ش. درجریان طرح توسعه حرم به محل کنونی انتقال یافته است . عملیات بازسازی مقبره شیخ طبرسی از 1379 آغاز شده است و عملیات تکمیلی آن هم چنان ادامه دارد.

آرامگاه پیرپالان دوز
آرامگاه شیخ محمد عارف مشهور به پیر پالان دوز قبلاً درحاشیه فلکه حرم و در ابتدای خیابان نواب صفوی واقع بود و اینک پس از توسعه حریم حرم رضوی در مرکز مجموعه فرهنگی – تجاری پیر پالان دوز واقع درپشت بازوی غربی سردرهای بالای زیرگذر خیابان نواب صفوی ( پایین خیابان ) قرار دارد و مجموعه مذکور با احتساب زیربنای آرامگاه و رواق های جانبی و بازارچه به 6630 متر مربع بالغ می گردد. بازسازی و توسعه پروژه مجموعه پیرپالان دوز ازسال 1376 آغاز و در سال 1380 مراحل پایانی را طی نموده و در حال بهره برداری است. این مجموعه درزمینی به مساحت 2403 متر مربع بنا شده است.
صاحب آرامگاه شیخ محمد عارف ازعرفای عهد صفویه و متولد کارده از اطراف مشهد است که در 985 ق. وفات یافت و در این محل مدفون شد و در سال 1343 صندوقی برای آن ساخته شد . او صاحب کرامات و از دانشمندان و زهاد معروف عهد صفوی و از بزرگان سلسله ذهبیه است و به دلیل امرار معاش از طریق پالان دوزی یا پاره دوزی ( کفشدوزی ) به این نام شهرت یافته است.

محمد بن حسن بن على بن محمد بن حسین، معروف به شیخ حر عاملى در شب جمعه 8 رجب سال 1033 هجرى در خانواده‏اى اهل علم و علاقه ‏مند به خاندان رسول خدا صلى الله علیهم اجمعین در روستاى مشغره در منطقه جبل عامل لبنان دیده به جهان گشود.

منطقه جبل عامل به دست ابوذر غفارى شیعه شد و توسط آن سردار بزرگ اسلام با اهل بیت رسول خدا صلى الله علیهم اجمعین آشنا گشت.

نسب محمدبن حسن معروف به حر عاملی مشغری با 36 واسطه به حربن یزید ریاحی شهید و آزادمرد حادثه كربلا می‌رسد.

شیخ حر در روستای مشغر، یكی از بخش‌های منطقه جبل عامل (جبح) دیده به جهان گشود. شیخ حر عاملى از نوادگان حر بن یزید ریاحى است.

او فرمانده سپاه یزید بود كه به سپاه امام حسین علیه‏السلام ملحق شد و همچون یارى وفادار در ركاب آن حضرت به شهادت رسید و سید الشهدا علیه‏السلام درباره او فرمودند:
«ترا نام نیكویى نهاده‏اند، تو در دنیا و آخرت حُرّ و آزاده هستى»

دکتر غلامعلی حداد عادل پدر همسر سید مجتبی، درباره عروسی آقا مجتبی خامنه‌ای نکات مختلفی را در اشراق اندیشه گفته است ولی آن بخشی از عروسی ایشان که نشان از حساسیت این بزرگوار نسبت به داشتن زندگی ساده همانند پدر دارد این بخش از ماجراست: «قبل از خرید بازار پسر آقا گفت: «من نه انگش‌تر می‌خوام و نه ساعت و نه چیز دیگری.» آقا گفتند: خوب نیست. من هم گفتم: «حداقل یک حلقه بگیرند.» اما آقا فرمودند: «من یک انگش‌تر عقیق دارم که یکی برای من هدیه آورده، اگر دخترتان قبول می‌کند، من آن را به ایشان هدیه می‌دهم و ایشان هم به عنوان حلقه، به مجتبی هدیه دهد.»

قبول کردیم و انگش‌تر را گرفتیم و بعد به آقا مجتبی دادیم. کمی بزرگ بود. به یک انگشترسازی بردیم تا کوچکش کند و خرجش۶۰۰تومان شد. خلاصه خرج حلقه­ ی داماد۶۰۰تومان شد! »

وقت ایشان یا به مطالعه فقه و فقاهت می‌گذرد یا به عبادت

غلامعلی حدادعادل، رئیس سابق و نماینده فعلی مجلس – پدرزن مجتبی خامنه‌ای – در سال۱۳۹۱در مصاحبه با نشریه پاسدار اسلام درباره شخصیت سید مجتبی چنین می‌گوید: «می‌دانم که آقا مجتبی هرگز راضی نیست من درباره او صحبتی بکنم و سخنی بگویم و خودش هم هرگز درباره خودش کمترین سخنی به زبان نمی‌آورد و از خود در برابر تهمت‌ها و اهانت‌ها، دفاعی نمی‌کند. اما می‌دانم که سالهاست در قم درس خارج تدریس می‌کند و اوقات خود را در منزل یا به مطالعه فقه و فقاهت می‌گذارند یا به عبادت. پس از شلوغی‌های بعد از انتخابات سال۸۸، جوانی بود که من او را می‌شناختم و شنیدم که او هم در این قضایا و در تظاهرات و اعتراضات و کارهای پشت صحنه بسیار فعال است. یک روز با او قرار گذاشتم و به دفتر من آمد و با او صحبت کردم و گفتم: این حرف‌هایی که زده می‌شود و این ادعای تقلب در انتخابات، کلاً دروغ است و من اگر مطمئن نبودم، وارد میدان نمی‌شدم. از میان این حرف‌هایی که در سایت‌ها و خیابان‌ها و تلویزیون‌های خارجی می‌زنند، دروغ بودن یکی را خیلی راحت‌تر می‌توانم به تو اثبات کنم و آن حرف‌هایی است که راجع به آقا مجتبی می‌زنند. می‌خواهی همین الآن و بدون قرار قبلی، دست تو را بگیرم و به منزل دخترم ببرم و بگویم مه‌مان دارم و تو ببینی که آقا مجتبی با۴۰سال سن چه طوری زندگی می‌کند؟ بیا برویم تا ببینی که زندگی ایشان به مراتب از زندگی یک کارمند متوسط شهرستانی ساده‌تر است و آپارتمانی که ایشان دارد با هیچ یک از خانه‌های این آقایانی که خودشان را وسط انداخته‌ و ادعای تقلب را ساخته‌اند قابل مقایسه نیست. شما حتماً این شایعه را شنیده‌ای که۵. ۱میلیون پوندی که بانک‌های انگلیس مسدود کرده‌اند، متعلق به آقا مجتبی است! ‌ یا داستان کامیون پر از شمش طلا را که به ترکیه رفته و گفتند متعلق به ایشان بوده است، حتماً شنیده‌ای. اثباتش کاری ندارد. سرزده و همراه هم می‌رویم و زندگی آقا مجتبی را ببینی. البته آن جوان حرفم را قبول کرد، چون مرا می‌شناخت و گفت: می‌دانم این حرف‌ها دروغ است.»

نگاه و بینش ایشان کاملا با رهبری همگون و همسوست

فرید حداد عادل نیز درباره تفکر و دید سیاسی آقا مجتبی در سالنامه مثلث می‌گوید: «ایشان نگاه و بینشش کاملا با رهبری همگون و همسو است. هر جا تکلیف باشد و دستور رهبری، ایشان به وظیفه خود عمل می‌کنند. ایشان به این شکل فعالیت سیاسی ندارند. ایشان خیلی درس می‌خوانند و خارج فقه تدریس می‌کنند و در کار خود نیز موفق هستند و خیلی پیچیده‌تر از دروس متداول درس خارج طرح مطلب می‌کنند.»

نباید از خاطر برد که بسیاری از طلاب حوزه علمیه قم بار‌ها فرزندان مقام معظم رهبری را دیده‌اند که بر خلاف نوه و فرزندان دیگر مسئولین نظام بدون هیچ تشریفاتی، البته‌گاه با یک محافظ در سطح فیضیه یا دیگر مدارس علمیه شهر مقدس قم به درس و بحث و تدریس مشغول هستند و به سادگی و با فروتنی در بین مردم به رفت و آمد می‌پردازند. طلاب گرانقدر که هر یک متعلق به یکی از مناطق دور و نزدیک این کشور هستند همچون رسانه‌ای فراگیر، مشاهدات خدشه ناپذیر خود را به گوش اقوام و دوستان و مریدان خویش در همه نقاط ایران رسانده‌اند.

سید علی حسینی خامنه معروف به سید علی خامنه‌ای رهبر کنونی و دومین ولی فقیه در جمهوری اسلامی ایران است. او از مراجع تقلید شیعیان به شمار می‌رود.

وی سومین رئیس‌جمهور ایران از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸ در دو دورهٔ پیاپی بود.
تولد: ۱۶ ژوئیهٔ ۱۹۳۹ م. (سن ۷۶)، مشهد
همسر: منصوره خجسته باقرزاده (ازدواج ۱۹۶۴ م.)
منصب: رهبر ایران از ۱۹۸۹ م.
فرزندان: سید مجتبی خامنه‌ای، هدا خامنه‌ای، مصطفی خامنه‌ای، میثم خامنه‌ای، مسعود خامنه‌ای، بشری خامنه‌ای
خواهر و برادر: سید هادی خامنه‌ای، سید محمد خامنه‌ای، ربابه خامنه‌ای
والدین: سید جواد خامنه‌ای، خدیجه میردامادی